Miyamoto mempunyai seorang isteri, Yasuko, dan dua anak. Pada tahun 2010, anak lelakinya berusia 25 tahun dan bekerja di sebuah agensi pengiklanan, sementara anak perempuannya berusia 23 tahun dan belajar zoologi pada masa itu. Anak-anaknya bermain permainan video pada usia muda mereka, tetapi dia juga membuat mereka keluar. Walaupun dia boleh berbahasa Inggeris, dia tidak fasih dan lebih suka bercakap dalam bahasa Jepun untuk temu ramah.[4]

Miyamoto pada umumnya tidak menandatangani tanda tangan, kerana khuatir dia akan dibanjiri. Dia juga tidak muncul di televisyen Jepun, supaya kekal tidak diketahui. Lebih ramai pelancong asing berbanding orang Jepun menghampirinya.[4]

Miyamoto menghabiskan sedikit masa bermain permainan video dalam masa peribadinya, lebih suka bermain gitar, mandolin, dan banjo.[118] Dia gemar menikmati muzik bluegrass.[4] Dia mempunyai Anjing gembala Shetland bernama Pikku yang memberikan inspirasi untuk Nintendogs.[119] Dia juga penternak anjing yang separa profesional. Dia telah disebut menyatakan, "Permainan video buruk bagi anda? Itulah yang mereka katakan mengenai rock and roll."[120]

Miyamoto menikmati penyusunan semula perabot di rumahnya, walaupun larut malam.[4] Dia juga menyatakan bahawa dia mempunyai hobi meneka dimensi objek, kemudian memeriksa untuk melihta jika dia betul, dan dilaporkan membawa pita pengukur bersamanya di mana-mana.[121] Pada bulan Disember 2016, Miyamoto mempamerkan hobinya di The Tonight Show Starring Jimmy Fallon, sambil juga mempersembahkan tema Super Mario Bros. dengan gitar bersama The Roots semasa rancangan yang sama.[122][123]